1987-ci ilin oktyabrında ermənilərin Azərbaycana qarşı torpaq iddialarının həyata keçirilməsinə mane olan Heydər Əliyev İKP MK Siyasi Bürosunun üzvlüyündən və SSRİ Nazirlər Soveti sədrinin birinci müavini vəzifəsindən uzaqlaşdırıldı. Heydər Əliyevin SSRİ rəhbərliyindən kənarlaşdırılmasından dərhal sonra ermənilər Mixail Qorbaçovun xeyir-duası ilə Qarabağ avantürasına start verdilər.
1988-ci il fevralın 20-də Ermənistanın bilavasitə müdaxiləsi ilə DQMV Xalq Deputatları Sovetinin iclası keçirildi. Sovetin tərkibindəki 140 deputatdan 110-u erməni, digərləri isə azərbaycanlılar idi. Azərbaycanlı deputatlar yığıncağa buraxılmadılar. İclasda DQMV-nin Azərbaycan SSR-dən Ermənistan SSR-ə verilməsi haqqında Azərbaycan SSR və Ermənistan SSR Ali Sovetlərinə müraciət edildi. 1988-ci il fevralın 25-də Georgi Şahnazarovun və Aleksandr Yakovlevin müşayiəti ilə Sov.İKP MK-nın baş katibi Mixail Qorbaçov Silva Kaputikyanı və Zoriy Balayanı qəbul etmişdir. Onlar M. Qorbaçova saxta xəritələr və tarixi arayışlar təqdim etmiş, onu DQMV-nin Azərbaycanın tərkibində qalmasının mümkünsüzlüyünə inandırmağa çalışmışlar.
Milli ədavətin ilk qurbanları Ermənistanda yaşayan azərbaycanlılar oldu. 1988-ci ilin yanvarında Qafan və Mehridən ilk qaçqınlar Azərbaycana pənah gətirdi. 1988-ci il fevralın 19-da İrəvanda “Ermənistan türklərdən təmizlənməli!”, “Ermənistanda yalnız ermənilər yaşamalıdır” kimi mənfur şüarlarla mitinqlər keçirilirdi. Elə həmin gün Bakıda da antierməni ruhlu kütləvi mitinq təşkil olundu. 1988-1989-cu illərdə Ermənistan ərazisində azərbaycanlılara qarşı son etnik təmizləmə həyata keçirildi. Beləliklə, Ermənistandakı 185 Azərbaycan kəndindən 230 min azərbaycanlı qovuldu. Deportasiya zamanı 255 nəfər öldürüldü, 1200 adam yaralandı, 31 min ev, 165 kolxoz və sovxozun əmlakı talan edildi. Bu olaylara Moskva göz yumur, M.Qorbaçov məkrli bəyanatlar verir, Azərbaycanın o zamankı rəhbərləri isə səriştəsiz mövqe nümayiş etdirirdilər.
Ermənistanın ərazi iddiaları və Dağlıq Qarabağda separatçılıq hərəkatı 1988-ci ildə respublikanın ərazi bütövlüyünün müdafiəsi uğrunda kütləvi xalq hərəkatının yaranmasına gətirib çıxardı. Respublikada milli mənlik şüurunun daha da güclənməsi və demokratik proseslərin inkişafı 1989-cu ilin sentyabrında Azərbaycan Ali Sovetinin “Azərbaycan SSR-in Suverenliyi Haqqında” Konstitusiya qanunu qəbul etməsi ilə əlamətdar olmuşdur.
1989-cu ilin sonu, 1990-cı ilin yanvarında Azərbaycanda ictimai-siyasi vəziyyət xeyli kəskinləşdi, qarşıdurma dərinləşdi, mövcud iqtidarın hadisələrə nəzarəti son dərəcədə zəiflədi. Hakimiyyət böhranı və respublikadakı hadisələrə nəzarətin tam itirilməsi bunda təzahür etdi ki, Dağlıq Qarabağda və Ermənistanla sərhəddə erməni yaraqlılarının qanlı əməllərinin ardınca Cəlilabad və Lənkəran rayonlarında sovet və partiya orqanları devrildi, İranla sərhəddəki istehkamlar dağıdıldı.